Existe, no entanto, inegavelmente uma relação entre RGE e pneumopatias (Pereira, 2009).



Algumas doenças respiratórias, como asma, pneumonia aspirativa e mesmo fibrose pulmonar idiopática, são reconhecidamente condições associadas ao refluxo. Outras doenças, como DPOC, fibrose quística, bronquiectasias, entre outras, são menos comummente citadas. Esta relação entre RGE e doenças pulmonares deve ser sempre cogitada, diante de um quadro respiratório crónico persistente, recidivante e resistente ao tratamento, no qual a história sugira, fortemente, essa ligação e exista alguma confirmação através dos resultados dos exames complementares (Pereira, 2009; Poelmans & Tack, 2005a).



O RGE pode ainda manifestar-se por anemia, por carência de ferro ou, mais raramente, por vómitos com sangue. Nestes casos há lesões da mucosa. Nalguns casos poderão surgir outras complicações, como as úlceras, as estenoses e a transformação da mucosa esofágica em revestimento de tipo intestinal (esófago de Barrett).

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É importante mencionar estudos que observaram alterações no ramo parassimpático do sistema nervoso autónomo em pacientes com episódios de RGE (com ou sem inflamação do esófago) e que estas alterações podem ser essenciais na patogénese do RGE. No entanto acreditam também que o componente simpático também poderá ser responsável e a sua avaliação não deve ser omitida. Como conclusão sugerem a realização de mais estudos para esclarecimento da questão levantada (Dobrek et al., 2004).​